在食品微生物檢測中，衛生指標菌的檢測結果常作為品管單位判斷及檢驗食品/環境受到汙染的程度，以確認食品製造從原料、製程到銷售的過程中，是否有符合衛生標準。 所以，衛生指標菌是用來評估食品衛生安全及品質把關的指標。
在台灣的食品微生物檢驗中，以總生菌、大腸桿菌、大腸桿菌群，為三大衛生指標菌。
衛生指標菌
總生菌 (Aerobic plate count，APC) 為最基本的微生物檢測項目。
在特定的溫度下，以平板計數瓊脂培養基(PCA)培養後計數所得到的菌數，可藉由檢測出來的結果作為衛生狀況之推論，以了解食品在製作、運輸或貯藏的過程是否受到汙染，可代表此產品的衛生品質狀況。（附註1 衛生局-食品衛生指標菌(indicator bacteria）
大腸桿菌群（Coliform）
大腸菌群細菌定義為革蘭氏（Grams）陰性無芽胞桿菌，能在48小時內分解乳糖，而產生酸及氣體之一 : 群革蘭氏陰性兼性厭氧性（Facultatively anerobic）桿菌，包括大腸桿菌（Escherichia coli）、檸檬酸桿菌（Citrobacter）、克雷白氏菌（Klebsiella）及腸桿菌（Enterobacter）。大腸桿菌群（Coliform）可藉由各種途徑污染工廠的製程設備、環境、人員及原料，再污染最終之加工食物。
此類菌群並不耐熱，所以經過熱處理之食物，若檢驗出大腸桿菌群，表示食品受到二次污染，故大腸桿菌群（Coliform）的計數可做為製程之重要控制點，以茲確保HACCP規劃之控制效果。特別是經加熱過後之食品（附註1 衛生局-食品衛生指標菌(indicator bacteria）。
大腸桿菌（Escherichia coli）
大腸桿菌棲息於人畜之大腸內，若在食品中發現，表示食品受到糞便污染，它的存在比大腸桿菌群更能表示食品受到腸內病原菌之危害。大腸桿菌在加熱後即死亡。如果在加工後之禽畜肉中，檢驗出大腸桿菌，表示熱處理不當，或加熱後受到污染。為防止消費者食用到受糞便污染食品，衛福部針對大部份的食品都訂有大腸桿菌不得檢出的規範（附註1 衛生局-食品衛生指標菌(indicator bacteria）。
除了衛生指標菌，還有哪些項目需要檢測?
需要進行限制含量的規範微生物及其毒素與代謝產物包括 : 腸桿菌科、大腸桿菌、大腸桿菌群、腸炎弧菌、大腸桿菌O157:H7、沙門氏菌、單核球增多性李斯特菌、金黃色葡萄球菌腸毒素、阪崎腸桿菌(屬)、糞便性鏈球菌、綠膿桿菌、金黃色葡萄球菌，共12種。
在第二次預告訂定「食品中微生物衛生標準」草案中可以看到，針對各類產品訂定了相對應的微生物標準，有部分規範甚至取代傳統的三種衛生指標菌，新增腸桿菌科(Enterobacteriaceae)及許多致病菌的評估與管控，使監測結果更具風險代表性。（附註2 第二次預告「食品中微生物衛生標準」草案）
衛福部為了整合有關食品微生物之相關標準，參考國際管理趨勢、風險評估及國內需求，重新評估並提出第二次預告「食品中微生物衛生標準」之草案，此標準於 2021 年 7 月 1 日實施。
由於微生物汙染與製造及販賣場所之衛生狀況有直接關係，衛福部會針對販賣商、通路商及餐飲業者，將更加強食品業者實施食品良好衛生規範準則(GHP)及危害分析與重要管制點(HACCP)制度之查核，自製造源頭排除可能造成微生物污染之風險，提高微生物管理效能。（附註3 衛生福利部新聞- 公告資訊）。
參考資料